1992年4月4日，南通市住房基金管理中心成立，与市住房制度改革领导小组办公室实行一套机构、两块牌子；

　　1992年8月31日，南通市住房制度改革领导小组办公室更名为“南通市人民政府住房制度改革办公室”，南通市住房基金管理中心与其合属办公，一套机构、两块牌子，为副处级建制，挂靠市房地产管理局；

　　2001年11月20日，南通市住房基金管理中心单独设置，为副处级事业单位，由市房产管理局管理；

　　2002年9月30日，南通市住房基金管理中心更名为“南通市住房公积金管理中心”，为市政府直属相当副处级事业单位。各县（市）住房基金管理中心调整为住房公积金业务经办网点，名称分别定为“南通市住房公积金管理中心海安管理部”、“南通市住房公积金管理中心如皋管理部”、“南通市住房公积金管理中心如东管理部”、“南通市住房公积金管理中心通州管理部”、“南通市住房公积金管理中心海门管理部”、“南通市住房公积金管理中心启东管理部”。

　　2003年1月1日，南通市住房公积金管理中心正式按照“统一决策、统一管理、统一制度、统一核算”机构模式开始运行。